La primera de estas investigaciones tiene que ver con la presencia de la empresa en resguardos indígenas emberakatios del alto Andagueda en Chocó.
La segunda es una investigación por el delito de explotación ilícita de yacimiento minero en Santander de Quilichao, Veredas del Palmar, San Vicente y Santa Rita, en inmediaciones del río Quinamayó, en donde se hace mención de la existencia de un título minero para la explotación de cobre, plata, zinc y oro.
El Observatorio de Territorios Étnicos cuestiona la existencia de la consulta para el otorgamiento del título y denuncia la presencia de mineros ilegales en la zona.
La tercera denuncia, y quizás la más grave, se presenta en los municipios de Yolombó, San Roque y Caracolí en Antioquia, en donde se investigan negocios jurídicos realizados entre personas señaladas de pertenecer a grupos paramilitares, narcotraficantes y despojadores de tierras con la empresa AgloGold Ashanti a través de Gramalote Colombia.