La Secretaría del Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat) informó que la Minera San Xavier opera sin el permiso ambiental que fue otorgado por la dependencia en 1999, lo cual fue determinado el año pasado, sin embargo la notificación a la asociación civil Pro San Luis Ecológico se hizo hasta el 19 de septiembre del 2013, lo que hace sospechar de un contubernio entre la empresa y las autoridades federales, ya que desde que la secretaría negó el permiso debieron suspender sus actividades en Cerro de San Pedro, denunció el abogado del grupo opositor a la empresa, Héctor Barrí González.
Después de 14 años en que Pro San Luis Ecológico impugnara la resolución mediante un recuso de revisión de la autorización del proyecto minero en Cerro de San Pedro a la empresa Minera San Xavier, los tribunales federales nulificaron la autorización del proyecto y el cambio de uso de suelo, resolviéndose a favor de la empresa el 23 de noviembre de 2012: «por lo tanto la autorización que la autoridad en materia ambiental había otorgado en 1999 quedó nula ya que así se resolvió para cumplir una ejecutoria del Poder Judicial Federal», detalló.